農林水産省は農業、漁業両分野で国土強靱化対策を推進する。政府が６月に閣議決定した第１次国土強靱化実施中期計画（２０２６～３０年度）の「推進が特に必要な施策」として、これまでの防災・減災対策を細分化した上で新たな取り組みと目標を定めた。基幹的農業水利施設の水路約４２００キロと施設７３０カ所では、機能診断を踏まえた保全対策の完了率（２３年度０％）の目標を３０年度に７０％に設定した。４４年度には１００％にする。
　推進が特に必要な施策には、災害リスクの実情や緊急性などから対応を特に急ぐものに位置付けられており、関係府省庁の１１４施策が列挙されている。農水省は、２５年度までの「防災・減災、国土強靱化のための５か年加速化対策」にある「農業水利施設等の老朽化、豪雨・地震対策」や「漁港施設の耐震・耐津波・耐波浪化等の対策」を１１４施策の一部に振り分けた。それぞれの現況、３０年度と将来の目標を定めた。
　基幹的農業水利施設はこれまでも予算を措置し、必要な対策を進めてきている。水路約４２００キロ、施設約７３０カ所は「農業水利施設等の機能診断を踏まえた保全対策」として新たに取り組むため、現況（２３年度）の完了率が０％ながら、更新が必要と判明しているため、予防保全の対応で長寿命化していく。
　「農道・農道橋等の点検・診断を踏まえた保全対策」では、農道橋・農道トンネル２３７カ所（２３年度完了率０％）の完了率の目標を３０年度２１％に設定した。４４年度の１００％を目指す。
　漁港施設の耐震・耐津波・耐波浪化等の対策は、１１４施策で「漁港施設の耐震・耐津波・耐波浪化等」として、流通や災害時物資輸送の拠点となる全国２７２漁港と、定期離島航路のある全国１５０漁港の主要施設（岸壁、防波堤など）の対策の目標を示した。大規模な地震、津波といった災害への対応力の強化が必要と判断し、被災時の復旧体制の構築を含めて備えを強化することにしている。
　《推進が特に必要な施策に盛り込んだ主な取り組み》
　「農業水利施設の耐震化」　▽国営造成施設２３施設の対策完了率＝２３年度４８％、３０年度９１％、３４年度１００％
　「農業水利施設等の機能診断を踏まえた保全対策」
　▽基幹的農業水利施設（水路約４２００キロ、施設約７３０カ所）の対策完了率＝２３年度０％、３０年度７０％、３４年度１００％
　「農道・農道橋等の点検・診断を踏まえた保全対策」
　▽農道橋・農道トンネル２３７カ所の対策完了率＝２３年度０％、３０年度２１％、３４年度１００％
　▽林道橋および林道トンネル３２５２施設の対策完了率＝２３年度３０％、３０年度７１％、３４年度１００％
　「集落排水施設の耐震性能照査・保全対策」
　▽農業集落排水施設３４００施設の更新対策完了率＝２３年度０％、３０年度１２％、４９年度１００％
　▽漁業集落排水施設全国３００地区の対策完了率＝２３年度０％、３０年度２０％、４５年度１００％
　▽農業集落排水１４００施設の耐震性能照査完了率＝２３年度０％、３０年度１００％
　「漁港施設の耐震・耐津波・波浪化等」
　▽全国２７２漁港のうち、主要施設（岸壁、防波堤など）の必要な耐震・耐津波・耐浪化対策が完了した割合＝２３年度１６％、３０年度４０％、５３年度１００％
　▽定期的な離島航路のある全国１５０漁港のうち、主要施設（岸壁、防波堤など）の必要な耐震・耐津波・耐浪化対策が完了した割合＝２３年度１５％、３０年度４０％、５３年度１００％。